Иммунная система запускает сложный ответ на попадание M. tuberculosis. Для того чтобы преодолеть ее сопротивление, палочка Коха использует систему секреции — белковый комплекс, расположенный в ее мембране, — для введения определенных факторов вирулентности в клетки иммунной системы.